Nació en Ámsterdam, Países Bajos, en 1632, procedente de una familia de judíos sefardíes emigrantes de la península Ibérica, que huía de la persecución en Portugal. Se dice que su familia procedía de España, más en concreto de VIDEFERRE
(Orense), de donde habría huido en el siglo XV a Portugal; sin muchas pruebas, hay quien sostiene que era originaria de Espinosa de los Monteros (Burgos), lo que explicaría su apellido "Espinosa". Se educó en la comunidad judía de Ámsterdam, donde se conservaba una considerable tolerancia religiosa, pese a la influencia de los clérigos calvinistas. Contrajo una tuberculosis que poco a poco minaría su salud, hasta ocasionarle una muerte temprana.
A pesar de haber recibido una educación ligada a la ortodoxia judía, por ejemplo, con la asistencia a las lecciones de Saúl Levi Morteira, el joven Spinoza mostró una actitud bastante crítica frente a estas enseñanzas y amplió sus estudios por su cuenta en matemáticas y filosofía cartesiana, dirigido por Franciscus van den Enden. Leyó también a Thomas Hobbes, Lucrecio y Giordano Bruno; estas lecturas lo fueron alejando de la ortodoxia judaica. A esto se le pueden sumar las influencias del grupo de los collegianten o colegiantes (cristianos liberales protestantes neerlandeses), así como de heterodoxias judías hispano-portuguesas, estas últimas encarnadas principalmente en las figuras de Juan de Prado y Uriel da Costa.
Muerto su padre, en 1654, Spinoza no tenía ya que mantener oculto su descreimiento por respeto a la figura paterna. El 27 de julio de 1656 fue expulsado de la comunidad judía (así como excomulgado y desterrado de la ciudad), a la sazón dividida en dos grupos:
Sefardíes: judíos expulsados de la península Ibérica y grupo al cual Spinoza pertenecía. Era un grupo parcialmente influido por la tradición humanista.
Askenazíes: judíos procedentes de Europa central que al sufrir fuertes persecuciones durante la Edad Media emigraron en masa hacia el este, pero también a los Países Bajos e Inglaterra.
Éstos últimos constituían un grupo cerrado. En algún momento histórico parece que sus normas fueran más ortodoxas y rígidas que las de los sefardíes. Era el grupo mayoritario en Ámsterdam.
La estatua del filósofo vecina a su casa.
Tras la expulsión se retiró a un suburbio en las afueras de la ciudad y publicó su Apología para justificarse de su abdicación de la sinagoga, obra perdida que algunos autores consideran un precedente de su Tractatus theologico-politicus. Acentuó su trato con las sectas cristianas de los menonitas y colegiantes, de carácter cristiano bastante liberal y tolerante.
Para sobrevivir se dedicó a pulir lentes para instrumentos ópticos, entre ellos para su amigo el científico Huygens. Aparte de ganarse la vida con este oficio, recibía, según alguno de sus biógrafos, una pensión que le consiguió su amigo el munícipe Jan de Witt.
En 1660 se trasladó a Rijnsburg, pueblo cercano a Leyden, donde redactó su exposición de la filosofía cartesiana, Principia philosophiae cartesianae, y los Cogitata metaphysica, que se editaron conjuntamente en verano de 1663 (edic. latina; en 1664 apareció la versión holandesa) y que serían las dos únicas obras publicadas con su nombre en vida. Sostuvo una abundante correspondencia con intelectuales de toda Europa. En los primeros 1660 también empezó a trabajar en su Tractatus de intellectus emendatione y en la más famosa de sus obras, la Ethica, terminada en 1675.
En 1663 se trasladó a Voorburg, cerca de La Haya, donde frecuentó los círculos liberales y trabó una gran amistad con el físico Christiaan Huygens y con el por entonces jefe de gobierno (raadspensionaris) Jan de Witt, quien, según algunos, protegió la publicación anónima de su Tractatus theologico-politicus en 1670, obra que causó un gran revuelo por su crítica racionalista de la religión. Estas protestas, y la muerte de su protector De Witt (1672), lo convencieron de no volver a publicar nuevas obras sino tras su muerte; las obras circularían, sin embargo, entre sus admiradores, cada vez más numerosos.
De 1670 hasta su muerte vivió en La Haya. En 1673 J.L. Fabritius, profesor de Teología, por encargo del Elector del Palatinado, le ofreció una cátedra de Filosofía en su universidad, la de Heidelberg, pero Spinoza no la aceptó, pues aunque se le garantizaba "libertad de filosofar", se le exigía "no perturbar la religión públicamente establecida". Un año antes de su muerte fue visitado por Leibniz, pero éste negó luego tal encuentro. Minado por la tuberculosis, murió el 21 de febrero de 1677 cuando contaba 44 años. Sus amigos editaron en noviembre de ese mismo año, simultáneamente en latín y en holandés, todas las obras inéditas que encontraron, incluyendo (parte de) la correspondencia, bajo el título Opera posthuma (versión latina) y Nagelate Schriften (versión holandesa).
